サン・マルコ美術館は、ドミニコ会サン・マルコ修道院の広い区域を占めており、その雰囲気は現在も完全に保たれています。1436年に創設され、建築家 ミケロッツォ の設計により建設されたこの修道院は、都市の宗教的・文化的生活において重要な役割を果たしました。これは、修道士ジローラモ・サヴォナローラがこの修道院を拠点として活動していた事実からも明らかです。

当美術館の名声は、とりわけルネサンスを代表する画家 ベアト・アンジェリコ の作品によるものです。アンジェリコは修道院内の多くの部屋にフレスコ画を制作しました。主な作品には、ルネサンス絵画の傑作である《受胎告知》をはじめ、《キリストの降架》、《聖ピエトロ殉教者の三連祭壇画》、《アンナレーナの祭壇画》、《最後の審判》、《サン・マルコの祭壇画》、《聖母子》および《リナイオーリのタベルナコロ》などがあります。

また、16世紀（チンクエチェント）の作品コレクションも重要であり、その中には フラ・バルトロメオ をはじめとする画家たちの作品が含まれています。