El museo fue inaugurado como Museo Etrusco en 1870 y es uno de los museos arqueológicos más antiguos de Italia. Inicialmente, su sede se encontraba en el Cenáculo de Fuligno y albergaba una colección de hallazgos etruscos, griegos y romanos procedentes del desmantelamiento de las colecciones médiceas y lorenas, antes conservadas en los Uffizi. En ese mismo lugar, en 1855, también se había instalado el Museo Egipcio. Los espacios del cenáculo pronto resultaron insuficientes para acoger las colecciones y, en 1880, el museo fue trasladado a su sede actual en el Palazzo della Crocetta. Hoy, el Museo Arqueológico Nacional de Florencia incluye la Sección Etrusca, la Sección Romana, la Sección Griega, la Sección Egipcia —también conocida como Museo Egipcio (la segunda colección más importante de Italia después de la de Turín)—, la Sección Numismática y otras más. Entre los hallazgos etruscos más importantes se encuentra la Quimera, una estatua votiva de bronce encontrada en Arezzo en 1533, que representa a un animal parte león, parte cabra y parte serpiente. Entre las principales obras conservadas aquí también se encuentran las estatuas del Orador y de Minerva, las urnas de terracota y de travertino de Volterra, así como los vasos de cerámica griega de figuras negras.