Le musée fut inauguré comme Musée étrusque en 1870 et est l’un des plus anciens musées archéologiques d’Italie. À l’origine, il se trouvait dans le Cénacle de Fuligno et abritait une collection de vestiges étrusques, grecs et romains provenant du démantèlement des collections médicéennes et lorraine auparavant conservées aux Offices. Dans ce même lieu, en 1855, avait également été installé le Musée égyptien. Les espaces du cénacle se révélèrent rapidement insuffisants pour accueillir les collections et, en 1880, le musée fut transféré dans son siège actuel au Palazzo della Crocetta. Aujourd’hui, le Musée archéologique national de Florence comprend la Section étrusque, la Section romaine, la Section grecque, la Section égyptienne — également appelée Musée égyptien (la deuxième collection d’Italie après celle de Turin) — la Section numismatique, ainsi que d’autres départements. Parmi les vestiges étrusques les plus importants figure la Chimère, une statue votive en bronze trouvée à Arezzo en 1533, représentant un animal composé d’un lion, d’une chèvre et d’un serpent. Parmi les œuvres principales conservées ici se trouvent également les statues de l’Arringatore et de Minerve, les urnes en terre cuite et en travertin de Volterra, ainsi que les vases en céramique grecque à figures noires.