Das dem Opificio delle Pietre Dure angegliederte Museum, heute ein auf Restaurierung spezialisiertes Zentrum, geht direkt aus der Manifattura di corte hervor, die 1588 offiziell von Ferdinando I de’ Medici gegründet wurde und sich der Verarbeitung von harten Steinen widmete. Das Erscheinungsbild des Museums, das 1882 gegründet wurde, entspricht keiner gezielten Sammlungspolitik, sondern spiegelt das Leben und die Geschichte der jahrhundertelangen Produktionsaktivität wider. Die prestigeträchtigsten Werke, oft von den Großherzögen von Florenz verschenkt, befinden sich heute in königlichen Residenzen und Museen in ganz Europa, während in den Werkstätten des Museums unvollendete Stücke, umgearbeitete oder später demontierte Werke sowie das erhalten geblieben ist, was im 19. Jahrhundert nicht zerstreut wurde. Die Sammlung, reich an faszinierenden und kunstvollen Stücken, reicht aus, um die historische Entwicklung der Manufaktur über drei Jahrhunderte nachzuzeichnen. Zudem wird ein bedeutendes Depot antiker Marmore und harter Steine aufbewahrt. Das Museum wurde 1995 nach einem Projekt von Adolfo Natalini restauriert. Die Neuordnung der Sammlung, betreut von Anna Maria Giusti, folgt einem thematischen Prinzip: In den aus dem großen Saal hervorgegangenen Räumen sind die Werke der mediceischen und lothringischen Großherzogszeit dokumentiert, in den Räumen des 19. Jahrhunderts jene der nachunitarischen Periode. Die Empore des Saals ist den Verarbeitungstechniken gewidmet: von der umfangreichen Steinmaterialsammlung über Werkbänke und Werkzeuge bis hin zur didaktischen Veranschaulichung verschiedener Herstellungsphasen von Intarsien und Schnitzarbeiten. So lässt sich der gesamte Prozess von der Idee bis zum fertigen Werk nachvollziehen und die inneren Mechanismen eines faszinierenden Kapitels der florentinischen Kunstgeschichte entdecken.